Su nombre puede derivar de la palabra Cerinea, debido a que probablemente Xerneas esté inspirado en el ciervo de Cerinea, un animal mitológico parecido a un ciervo, perteneciente a la mitología griega, sin embargo, también puede provenir del dios celta Cernunos, que destaca precisamente por tener cuernos de ciervo.
Además, el nombre de este Pokémon comienza con la letra X, haciendo referencia a Pokémon X y a que sus pupilas tienen forma de esta letra. También haría referencia a los ejes de las coordenadas cartesianas.
Xerneas posee una apariencia elegante, con un pelaje negro sus patas delanteras tienen una especie de armazón con bordes en amarillo. Su pelaje desde su cuello da la idea de ser un tipo de armazón azulado por dos pronunciaciones en el comienzo de su largo cuello.
Igual que Yveltal y Zygarde, tiene en su cuerpo rasgos del organismo de los seres vivos, en su caso, sus astas son de gran tamaño, con gemas de múltiples colores en ellas; y sus ojos se caracterizan por tener sus pupilas con la forma de la letra "X" , por ser la mascota del videojuegoPokémon X.
Xerneas puede estar inspirado en el ciervo blanco de Nara, mensajero divino de la mitología japonesa que habitaba en un bosque de Heijō o elciervo de Cerinea.
También podría estar inspirado en la fusión de las cuatro criaturas de la mitología nórdica parecidos a ciervos, Dainn, Dvalinn, Duneyrr y Durapror, que habitan en el tronco de Yggdrasil, el gran árbol de la mitología nórdica. Estos tienen una joya en la cornamenta de un color diferente cada uno (azul, carmesí, amarilla y morada respectivamente).
Hace unos 800 años, el Pokémon conocido como Xerneas iluminó con sus cuernos la región de Kalos. En ese preciso instante, la gente y los Pokémon de toda Kalos sintieron como que un torrente de energía y vitalidad recorría su cuerpo. Simultáneamente, surgió un vasto bosque con Xerneas en su centro. Dice la leyenda que, al sentir próximo el final de sus 1000 años de vida, libera toda la energía que le queda y la comparte con todos los seres vivos cercanos. Una vez que este Pokémon legendario libera su energía, se transforma en un árbol marchito perdido en un bosque recién nacido.
Xerneas puede adquirir dos formas, la forma relajada y la forma activa. Cuando descansa en su Poké Ball, o en el Poké Recreo está en su forma relajada, y en combate y superentrenamiento cambia a la forma activa.
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